简介转录组广义上指特定细胞在某一功能状态下的所有转录产物，包括mRNA 和非编码RNA（ncRNA）。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，目前已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发、动植物育种等各个领域。
转录组测序特指对具有编码蛋白质功能的信使RNA（mRNA）进行序列测定及分析，以获得转录本信息，发现和鉴定新基因等。根据研究物种是否具有参考基因组以及注释信息。真核有参转录组主要研究的物种需要具注释完整的参考基因组信息，并对样本中mRNA的表达量以及组间差异mRNA进行分析。
常规转录组测序由于文库PCR扩增偏好性，所有序列并不会被同比例放大，因而造成测序定量结果与样本中转录本的原始丰度不一致，导致差异基因筛选不准确（如图1所示）。
这也是造成qPCR验证测序结果不一致的主要原因。联川生物推出的绝对定量转录组测序，采用主流UMI标记技术，通过UMI标记每一条序列，可以消除PCR扩增偏好对定量的干扰，真实反映样本中转录本的表达丰度（如图2所示）。
在文库PCR扩增和测序过程中难免会引入错误的碱基，具有相同UMI标记的序列可以基于多序列比对来纠正PCR扩增和测序过程中引入的错误，确保获得转录本的真实序列（如图3所示）。
应用场景与案例应用场景1：差异基因筛选与功能分析
适用范围：临床医学、基础医学、生物化学、动植物及真菌研究等任意方向
利用真核有参转录组测序，可通过比较实验组和对照组基因表达量筛选差异表达的基因。然后对差异表达基因进行进一步锁定，如通过GO、KEGG富集分析及GSEA分析，配合Pubmed中已发表的文献以及课题组中已积累的部分明星分子对差异表达基因进行功能注释，并进一步分析关注的功能基因。进入实验验证阶段后可对筛选到的差异基因进行qPCR、Northern、Western Blot、FISH验证、基因敲除及过表达等。
应用场景2：时序分析或浓度梯度分析
适用范围：临床样本、细胞样本、动植物样本有多个时间段的样本，或不同药物浓度处理的样本
在转录组数据分析过程中，有一类特殊的实验设计。通过对不同时间段的实验样本进行搜集，或测试不同的药物、试剂等浓度梯度的样本进行采集。继而研究不同基因在不同时间段或不同浓度梯度间的表达规律，这一类分析通常称之为“时序分析”
应用场景3：转录因子/调控因子/剪切因子等上游调控基因挖掘
适用范围：临床医学、基础医学、生物化学、动植物研究等任意研究方向
常规转录组差异分析极有可能得到大量的差异基因，这对后期实验验证的目标锁定带来挑战。在没有特定感兴趣的通路及明星分子前提下，转录因子是一个非常不错的切入方向。转录因子可以调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节特定的转录阶段，调控诸多生命进程，诸如免疫反应、发育模式等。所以，分析转录因子表达及其调控活性对于解析复杂生命活动具有重要意义。其他调节因子包括可变剪切等调控基因也可以参与上游调控。
应用场景4：大样本研究
适用范围：动植物育种、遗传群体与物种起源、人群队列与生物标志物挖掘
随着测序技术的飞速发展，少量样本的转录组测序研究已经无法解释复杂的生物学问题。研究者们已开始利用大样本量的转录组样本，结合统计学与机器学习等方式，知道符合特定规律和研究目的的核心基因。如孟德尔随机化、相关性分析、线性回归、LASSO回归、Cox回归等，分析不同样本基因或基因组多样性，挖掘更深入和全面的生物学意义。
项目流程图
联川生物真核有参转录组测序可以为研究人员提供从样本提取、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程，提供高质量的数据结果，并为后续研究提供强有力的参考依据。
真实定量：采用UMI标记技术，每一条序列都被唯一标识，保留序列真重复，去除PCR扩增假重复，真实反映样本中转录本的表达丰度。真实序列：具有相同UMI标记的序列可以基于多序列比对来纠正PCR扩增和测序过程中引入的错误, 确保获得转录本的真实序列。
样本起始量与送样建议
样本类型
起始量
动物及临床脏器组织/脑组织等
>20mg
动物及临床皮肤/骨/血管/脂肪组织等
>100mg
植物叶片组织/花
>200mg
植物根/茎/果实/种子
>500mg
原代细胞/细胞系
>5×106个
中性粒细胞/嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞
>5×107个
总RNA
>1μg且RIN>7.0
注意事项：
① 组织样本建议保存在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织保存液中，然后-80℃保存或干冰寄送；
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充分裂解之后，-80℃保存或干冰寄送
③ 更加详细的样本准备指南，请发送邮件至 market@lc-bio.com 索要或联系驻地销售
生物信息学分析流程与分析内容
有参转录组
分析内容
备注
测序数据质控
去除原始下机数据中的接头序列、污染序列和低质量错误序列
数据量统计和质量评估
序列比对和转录本重构
参考基因组比对
统计下机数据比对上基因组的比例
参考基因组比对区域分布
统计比对上基因组的序列外显子和内含子所占比例
参考序列染色体密度分布
染色体上比对序列分布统计
转录本重构
包含序列merged.fa和.gtf文件
基因/转录本总体表达分析
基因表达总表
转录本表达总表
基因和转录本表达量分布盒形图
基因和转录本表达量区间分布统计
转录本覆盖深度统计
基因和转录本表达量分布密度图
差异表达基因/转录本分析(样本数≥2)
差异表达基因和转录本统计柱状图
差异表达基因和转录本表达谱
差异表达基因和转录本火山图
差异表达基因和转录本聚类热图
差异表达基因GO富集分析
包含GO富集柱状图、散点图、雷达图等
差异表达基因KEGG富集分析
包含KEGG通路富集散点图、通路图、雷达图等
差异表达基因Reactome富集分析（只包含常见19个物种）
包含Reactome富集散点图、柱状图等
差异表达基因DO（疾病注释数据库）富集分析（只包含物种为人的）
包含DO数据库富集散点图、柱状图等
结构分析
可变剪接分析
默认提供ASprofile的可变剪切分析结果，可以售后免费提供rMATS的差异可变剪切分析结果
SNP/InDel分析
样本相关性（样本数≥2）
相关系数图和PCA（主成分分析）图
拓展材料——联川生物真核有参转录组测序报告解读及基础知识科普
拓展阅读材料：收藏！看完联川这1万多字的问题解答，你就能从转录组小白变成大神
近期用户文章精选
Sun N., et al. (2023) Design of fast-onset antidepressant by dissociating SERT from nNOS in the DRN. Science.
Deng S., et al (2023) RNA m6A regulates transcription via DNA demethylation and chromatin accessibility. Nature Genetics.
Gai X., et al. (2023) Pre-ribosomal RNA reorganizes DNA damage repair factors in nucleus during meiotic prophase and DNA damage response. Cell Research.
Ye B., et al. (2023) USP25 Ameliorates Pathological Cardiac Hypertrophy by Stabilizing SERCA2a in Cardiomyocytes. Circulation Research.
Jiang T., et al. (2023) PTEN deficiency facilitates exosome secretion and metastasis in cholangiocarcinoma by impairing TFEB-mediated lysosome biogenesis. Gastroenterology.
Song L., et al. (2023) FGF4 protects the liver from non-alcoholic fatty liver disease by activating the AMPK-Caspase 6 signal axis. Hepatology.
Zhang B., et al. (2023) The MdBBX22–miR858–MdMYB9/11/12 module regulates proanthocyanidin biosynthesis in apple peel. Plant Biotechnology Journal.
Mao H., et al. (2023) Variation in cis-regulation of a NAC transcription factor contributes to drought tolerance in wheat. Molecular Plant.
Zhang S., et al. (2023) Tissue-Specific Transcriptomics Reveals an Important Role of the Unfolded Protein Response in Maintaining Fertility upon Heat Stress in Arabidopsis. Plant Cell.
Li P., et al. (2023) CsMYB1 integrates the regulation of trichome development and catechins biosynthesis in tea plant domestication. New Phytologist.