简介转录组广义上指特定细胞在某一功能状态下的所有转录产物，包括mRNA 和非编码RNA（ncRNA）。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，目前已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发、动植物育种等各个领域。真核无参转录组适用于无参考基因组的真核生物或基因组组装注释质量不高的真核生物。前期需要对物种组织中所有表达的mRNA及转录本采用Trinity等软件进行de novo组装，产生长度最长的转录本并标记为Unigene，在Unigene的基础上使用Salmon等软件进行定量计算。
应用场景与案例应用场景1：差异基因筛选与功能分析
适用范围：无参考基因组的真核生物研究任意方向
利用真核无参转录组测序，可通过比较实验组和对照组的基因进行组装、定量，然后对基因进行注释如GO、KEGG数据库，或通过Blast或家族基因分析锁定自己感兴趣的通路和基因。配合Pubmed中已发表的文献以及课题组中已积累的部分明星分子对差异表达基因进行功能注释，并进一步分析关注的功能基因。进入实验验证阶段后可对筛选到的差异基因进行qPCR、Northern、RNA干扰、基因敲除及过表达等后期验证。
应用场景2：时序分析或浓度梯度分析
适用范围：无参考基因组的动植物样本或真菌样本，有多个时间段的样本或不同药物浓度处理的样本
在转录组数据分析过程中，有一类特殊的实验设计。通过对不同时间段的实验样本进行搜集，或测试不同的药物、试剂等浓度梯度的样本进行采集。继而研究不同基因在不同时间段或不同浓度梯度间的表达规律，这一类分析通常称之为“时序分析”。
应用场景3：转录因子/SSR等信息挖掘
适用范围：无参考基因组的动植物样本等任意研究方向
常规转录组差异分析极有可能得到大量的差异基因，这对后期实验验证的目标锁定带来挑战。在没有特定感兴趣的通路及明星分子前提下，转录因子是一个非常不错的切入方向。转录因子可以调节基因表达的激活与关闭，继而调控诸多生命进程，诸如植物逆境胁迫、动物发育性状等。所以，分析转录因子表达及其调控活性对于解析复杂生命活动具有重要意义。此外Unigene中SSR微卫星作为一种特殊的分子标签，是研究动植物基因遗传多样性的一种重要分子标记。真核生物基因组中SSR常由2～6个重复、均匀分布的核苷酸片段串联组成，具有操作简便、共显性遗性、多态性高、重复性好等优点。近年来，SSR分子标记在植物系统进化、遗传多样性、群体遗传结构及动态进化历史等领域应用广泛。
应用场景4：大样本研究
适用范围：动植物育种、遗传群体与物种起源等数据挖掘
随着测序技术的飞速发展，少量样本的转录组测序研究已经无法解释复杂的生物学问题。研究者们已开始利用大样本量的转录组样本，结合遗传分析、统计学与机器学习等方式，对构建好的群体进行分子标记挖掘和基因性状定位等研究，从而挖掘更深入和全面的生物学意义。利用TWAS及eQTL等方式对群体展开研究能够更好理解动植物优质品种选育，挖掘优良性状基因打下基础。
项目流程图
联川生物真核有参转录组测序可以为研究人员提供从样本提取、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程，提供高质量的数据结果，并为后续研究提供强有力的参考依据。
样本起始量与送样建议
样本类型
起始量
动物脏器组织/脑组织等
>20mg
动物皮肤/骨/血管/脂肪组织等
>100mg
植物叶片组织/花
>200mg
植物根/茎/果实/种子
>500mg
总RNA
>1μg且RIN>7.0
注意事项：
① 组织样本建议保存在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织保存液中，然后-80℃保存或干冰寄送；
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充分裂解之后，-80℃保存或干冰寄送
③ 更加详细的样本准备指南，请发送邮件至 market@lc-bio.com 索要或联系驻地销售
生物信息学分析流程与分析内容
无参转录组分析模块
分析内容
测序数据质控
去除原始下机数据中的接头序列、污染序列和低质量错误序列
质控前后数据量统计和质量评估
denovo组装
组装结果总览
Trinity gene/transcript长度分布统计
Trinity gene/transcript GC含量统计
Trinity gene功能注释和分类
功能注释总表
GO数据库分类注释
KEGG数据库分类注释
eggNOG数据库分类注释
NCBI_nr数据库注释
Swissrot数据库注释
Pfam数据库注释
Trinity gene总体表达分析
Trinity gene表达总表
Trinity gene表达量分布盒形图
Trinity gene表达量分布密度图
差异表达Trinity gene分析（样本数≥2）
差异表达Trinity gene统计柱状图
差异表达Trinity gene韦恩图
差异表达Trinity gene表达谱
差异表达Trinity gene火山图
差异表达Trinity gene聚类热图
差异表达Trinity geneGO富集分析
差异表达Trinity geneKEGG富集分析
结构分析
CDS预测
SNP/InDel分析
SSR分析
样本相关性（样本数≥2）
相关系数图和PCA（主成分分析）图
拓展材料——联川生物真核有参转录组测序报告解读及基础知识科普
拓展阅读材料：收藏！看完联川这1万多字的问题解答，你就能从转录组小白变成大神
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