单细胞

单细胞转录组测序(10x 3')
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10x Genomics认证单细胞测序联合实验室





背景简介

        随着测序技术尤其是高通量测序技术的迅速发展,人们对基因组变异/基因表达差异与表型之间关系的认识越来越深刻。然而传统的Bulk RNA测序手段是针对细胞集合进行测序,而单个细胞特异性的信息往往被掩盖,导致错失很多重要信息。

        10x Genomics平台首先利用微流控技术分选单个细胞,然后将带有barcode和引物的凝胶珠以及单个细胞包裹在油滴中;在油滴中凝胶珠溶解释放反转录oligo,细胞裂解释放mRNA,通过mRNA 末端标签扩增(3’WTA)法获得用于测序的带barcode的cDNA;液体油层破坏后,cDNA进行后续文库构建,使用Illumina测序平台检测,即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据,10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获,细胞捕获率最高65%。可实现大量大细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析,绘制大规模单细胞表达图谱。








样本要求


样本类型

样本量及保存条件

实体组织

0.2g(参考⻩⾖粒:0.5 cm2⼩),组织样本于充满预冷组织保存液(免费提供)的螺⼝冻存管中,密封后于 2~8℃ 保存/运输;

⾎液,骨髓类样本

2mL ,4-8℃保存运输,⾎液样本尽量在 8 ⼩时内进⾏有核细胞分离,最长不超过 12 ⼩时。

积液类样本,腹⽔,胸腔积液,膝盖积液,淋巴液,灌洗液和脑脊液等样本

5mL ,取样后置于 4-8℃ 环境进⾏保存运输






 

分析内容







技术优势


1.多个地区均有单细胞驻地实验室,大大解决新鲜组织样本解离的时效性问题
2.行业领先的样本制备经验,并首发单细胞组织解离手册
3.独家引进BD流式细胞平台,降低背景污染现象,极大提升单细胞的数据利用率
4.独家开发单细胞在线云分析工具--联川星云,实现用户对于单细胞/空间转录组数据的自主分析









应用方向

肿瘤学(肿瘤微环境、肿瘤异质性、肿瘤浸润)

免疫学(免疫细胞浸润、免疫扩散)

生长发育(细胞类型的空间分布)

神经系统发育








代表性文章

Zhao W, et al. Single-cell analysis of gastric signet ring cell carcinoma reveals cytological and immune microenvironment features. Nat Commun. 2023 May 24;14(1):2985. doi: 10.1038/s41467-023-38426-4. PMID: 37225691; PMCID: PMC10209160.