简介
RNA Immunoprecipitation Sequencing是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术，也叫RIP-seq。RIP-seq能够绘制了蛋白质与RNA-蛋白质复合物中的RNA结合的位点或区域。在这种方法中，RNA-蛋白质复合物与靶向感兴趣蛋白质的抗体进行免疫沉淀。RNase消化后，提取受蛋白质结合保护的RNA并逆转录为cDNA。然后可以将这些位置Mapping到基因组上。对RIP下来的RNA片段反转录成cDNA，构建测序文库进行后续的RNA结合蛋白相关结合位点信息分析。
与ChIP-seq不同点在于，RIP-seq研究主要是RNA结合蛋白（RNA binding protein, RBP）靶向RNA的信息。而ChIP-seq主要聚焦在部分DNA结合蛋白如转录因子以及组蛋白等靶向的DNA序列信息。
应用场景与案例
应用场景1：RNA结合蛋白靶基因研究
RNA结合蛋白（RNA binding protein, RBP）是指一类伴随RNA的调控代谢过程与RNA结合的蛋白质的总称。利用RIP-seq可以对RBP结合的所有靶基因在全转录/全基因层面进行全局扫描，锁定后续感兴趣的靶基因。
联川优势
多篇用户文章登顶TOP期刊
采用顶级期刊高频分析流程，可提供几十套标准及个性化分析服务
几十款抗体测试数据，为后续高质量数据呈现保驾护航
丰富的售后和审稿意见处理经验
项目流程图
联川生RIP-seq测序可以为研究人员提供从样本准备、免疫共沉淀（IP）、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程，提供高质量的数据结果，并为后续研究提供强有力的参考依据。
样本起始量与送样建议
生物信息学分析流程与分析内容
具体生信分析内容
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分析大类 |
具体分析内容 |
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比对统计 |
核糖体序列比对 |
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参考基因组比对 |
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测序饱和度分析 |
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Reads染色体分布图 |
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Peak分析 |
Peak整体统计 |
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Peak富集倍数分布 |
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Peak注释 |
Peak相关基因分析 |
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Peak在基因功能元件上的分布 |
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Peak相关基因GO富集分析 |
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Peak相关基因KEGG富集分析 |
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Peak及周边基因结构可视化分析 |
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Motif分析 |
差异Peak及特定基因Motif分析 |
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