植物内生菌多样性测序
内生菌长期生活在植物体的特殊环境里,并和宿主协同进化,在演变过程中二者形成了互利共生关系,一方面植物为内生菌提供光合产物和矿物质供内生菌生长需要,另一方面内生菌在宿主的生长发育和系统演化过程中起重要作用。植物内生菌多样性测序即是对植物体内的细菌或真菌群落组成进行鉴定。
植物内生菌,特别是内生细菌,因为植物的线粒体16S rDNA、叶绿体16S rDNA与细菌的16S rDNA在全长上表现出70%以上的序列同源性,而保守区具有更高的序列同源性。这使得在用16S引物扩增植物内生细菌时,扩增子文库中会产生大量植物源DNA污染(占比可高达99%以上),会严重干扰后续的内生细菌数据分析。为了最大程度地降低植物源DNA污染,我们创新性地推出LNA-16S测序,可以使植物内生细菌的数据占比高达99%(查看LNA-16S测序实验原理)。
联川优势
针对植物内生细菌,采用专有的LNA-16S测序技术,使得植物内生细菌的数据占比高达99%
针对植物内生真菌,采用专有的巢式PCR建库技术,使得植物内生真菌的数据占比大幅高于常规实验方法
技术路线
分析内容
样本类型
植物各类器官如根、茎、叶、种子等,总DNA等
建议总DNA起始量:1 μg,最低100 ng,浓度≥10 ng/μL