背景简介
外显子组(Exome)是一个物种基因组中全部外显子(Exon)区域的总和,该区域包含着合成蛋白质所需要的信息,涵盖了与个体表型相关的大部分的功能性变异。外显子组测序是指利用探针杂交对外显子区域的DNA进行富集,随后通过高通量测序技术对该目标区域进行深度测序,发现特定遗传突变的技术手段。相比于全基因组测序,外显子组测序具有更高测序深度、更低成本的特点,极大提高了基因组中与蛋白质功能突变的研究效率。该技术可用于研究孟德尔疾病,复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症等的致病基因和易感基因,帮助研究人员更好地解释这些疑难杂症的致病机制。
联川优势
更优的捕获效果:优先采用捕获性能更优异的TWIST exome探针进行外显子组捕获(详细了解);
全面的数据分析:采用主流的突变筛查算法,搭配肿瘤或遗传病的基因突变鉴定流程,全面筛查疾病相关的基因突变,也提供专业的个性化分析;
领先的肿瘤外显子组分析:针对肿瘤基因突变特征,量身定制从实验到分析的方案,快速定位肿瘤相关的突变基因,深度挖掘数据的生物学意义(详细了解);
可靠的样本处理能力:成功处理过数万例多种类型的样本,包括血液、组织、FFPE、拭子等。
技术路线
分析内容
疾病(遗传病)外显子组分析内容
标准分析:
1.数据产出统计:测序深度、覆盖度分布统计;
2.SNP/插入/缺失(InDel)鉴定与注释:
3.dbSNP数据库的注释与筛选;
4.1000Genome数据库的注释与筛选;
5.基于突变频率、基因区域的筛选;
6.蛋白功能影响注释;
高级分析:
1. 共有突变基因筛选
2. 遗传模式筛选(显性、隐形)
3. GO和KEGG富集分析
4. 关联分析和生存分析(基于临床随访数据)
肿瘤外显子组分析内容
样本类型
组织,白细胞,PBMC,全血,FFPE,拭子,总DNA等
建议总DNA起始量:>1 μg,最低>200 ng