背景简介
Visium HD推动了空间转录组发展的新时代,以单细胞尺度的分辨率增强了已被验证的全转录组空间信息,实现了全组织覆盖,并可通过创新的探针和Visium CytAssist技术的支持为Visium HD工作流程提供一流的数据。
样本要求
样本类型(人和小鼠) |
送样要求 |
石蜡块 |
石蜡块具有一定的厚度,建议厚度2-5mm。石蜡块封装好常温或4℃寄送至联川生物实验室。 以下罗列实际实验过程需要消耗的切片数量: 1)RNA质检: ① 组织较小:≤6.5 x 6.5mm:5-10片切片 ② 组织较大:≥6.5 x 6.5 mm:2-5片切片 2)H&E染色选片:5-10片5µm厚度切片并染色; 3)正式试验表达:1片5µm厚度表达切片。 |
石蜡包埋的白片(切好的石蜡卷需要贴在玻片上)和贴片 |
白片需要贴在玻片上或贴片建议准备6-13片(5um厚度),封装好(可放置在玻片盒中)常温或4℃寄送至联川生物实验室。 以下罗列实际实验过程需要消耗的切片数量: 1)RNA质检: ① 组织较小:≤6.5 x 6.5mm:5-10片切片 ② 组织较大:≥6.5 x 6.5 mm:2-5片切片 2)H&E染色:1~2片用于染色; 3)正式实验表达:1片。 |
已保存的玻片 |
已保存在玻片上的样本建议准备6-13片(5um厚度),封装好(可放置在玻片盒中)常温或4℃寄送至联川生物实验室。 以下罗列实际实验过程需要消耗的切片数量: 1)RNA质检: ① 组织较小:≤6.5 x 6.5mm:5-10片切片 ② 组织较大:≥6.5 x 6.5 mm:2-5片切片 2)H&E染色:1~2片用于染色; 3)正式实验表达:1片 |
分析内容
技术优势
1. 单细胞分辨率:Visium HD 系统将现有 Visium 平台的分辨率从 55 um spots提高到 2x2 um正方形,从而实现单细胞水平的空间组织结构分析。
2. 全组织覆盖度:Visium HD以其全组织覆盖度及极高的分辨率可用于探索微小组织结构中独特的生物学特征;还可定位组织驻留细胞群,包括免疫细胞或癌细胞,以发现它们的相互作用和对疾病或治疗反应的影响。
3. 数据质量极高:基于CytAssist的一体化工作流程,简化样本前处理的同时采用三对探针对同时捕获极大提高基因检出率
4. 样本兼容性高:样本兼容性扩展到贴有切片的载玻片,且DV200的质控要求降为>30%,允许检测更多长期保存的高度降解的样本;
应用方向
病理学;肿瘤学;免疫学研究;神经学研究;发育生物学