背景简介
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DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。WGBS（Whole-Genome Bisulphite Sequencing）是以高通量测序平台为基础，结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。 |
技术优势
基于全基因组重亚硫酸盐转化的方法，实现全基因组单碱基分辨率的甲基化位点精准、高效定位，是甲基化测序的金标准
多篇用户文章登顶TOP期刊
采用顶级期刊高频分析流程，可提供几十套标准及个性化分析服务
丰富的售后和审稿意见处理经验
技术路线
分析内容
样本类型
细胞，组织，总DNA等
建议起始量（单次）：DNA＞10 μg，样品浓度>50ng/μl, OD260/OD280在1.8到2.0之间
样本起始量与送样建议
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样本类型 |
起始量 |
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原代细胞/细胞系 |
>1×106个 |
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动物及临床脏器组织/脑组织等 |
>100mg |
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植物根/茎/叶等 |
>1g |
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DNA样本 |
>5μg |
生物信息学分析流程与分析内容
具体生信分析内容
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分析大类 |
分析内容 |
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数据处理 |
原始数据质控统计 |
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甲基化分布分析统计 |
参考基因组比对 |
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C位点覆盖度的累积分布统计 |
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样本相关性分析 |
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染色体上甲基化的分布统计 |
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不同基因区段的甲基化分布统计 |
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整体甲基化分布小提琴图 |
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划窗法统计染色体甲基化水平 |
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差异甲基化区域分析 |
差异DMR筛选 |
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聚类分析 |
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DMR相关基因的GO富集分析 |
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DMR相关基因的KEGG富集分析 |
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其他分析 |
CpG岛的甲基化统计分析 |
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[1] Wu X., et al. (2024) Comparative and functional analysis unveils the contribution of photoperiod to DNA methylation, sRNA accumulation, and gene expression variations in short-day and long-day grasses. Plant Journal.
[2] Zhao Z., et al. (2024) Silencing of STEAP3 suppresses cervical cancer cell proliferation and migration via JAK/STAT3 signaling pathway. Cancer & Metabolism.
[3] Han M., et al. (2024) Dynamic DNA Methylation Regulates Season-Dependent Secondary Metabolism in the New Shoots of Tea Plants. Journal of Agricultural and Food Chemistry.
[4] Chen G., et al. (2023) DNA dioxygenases Tet2/3 regulate gene promoter accessibility and chromatin topology in lineage-specific loci to control epithelial differentiation. Science Advances.
[5] Shen H., et al. (2021) Mouse totipotent stem cells captured and maintained through spliceosomal repression. Cell.