简介ChIP-seq全称Chromatin Immunoprecipitation sequencing，也叫染色质免疫共沉淀测序技术，是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
应用场景与案例
应用场景1：组蛋白修饰等相关研究
组蛋白（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白通常含有H1，H2A，H2B，H3，H4等5种成分。除H1外，其他4种组蛋白均分别以二聚体(共八聚体）相结合，形成核小体核心。DNA便缠绕在核小体的核心上。而H1则与核小体间的DNA结合。因此，一般认为组蛋白作为结构支持体的作用比其基因调节作用更为重要。利用组蛋白ChIP-seq可以分析组蛋白所在染色体区域与DNA结合的情况情况。
应用场景2：转录因子靶点研究
转录因子(transcription factor, TF)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。利用转录因子ChIP-seq可挖掘特定转录因子与基因结合的5’UTR区域，来预测该基因后续转录抑制或转录激活等状态。
应用场景3：超级增强子机制研究
超级增强子（Super enhancer, SE）是一种特殊类型的增强子，可以理解为是由多个增强子组成的一个大的增强子簇。
与普通的增强子相比，超级增强子上绑定了大量的转录因子、转录辅因子等，并增强关系基因的转录水平。超级增强子促进基因表达的能力更强，主要负责调控一些细胞身份的基因表达，大多数的超级增强子处于抑制状态，只有极少部分决定细胞身份的超级增强子被打开，因此超级增强子在癌症发生、细胞分化、免疫应答以及植物逆境胁迫等重要生物学过程中发挥着重要调控功能，有潜力成为理想的抗癌靶点。利用ChIP-seq可以挖掘超级增强子信息，为后续的研究打下基础。
联川优势贝勒医学院与MD Anderson Cancer Center博士团队联合打造的高端个性化服务项目采用顶级期刊高频分析流程，可提供几十套标准及个性化分析服务几十款抗体测试数据，为后续高质量数据呈现保驾护航ChIP实验高成功率遥遥领先
项目流程图
联川生物ChIP-seq测序可以为研究人员提供从样本准备、免疫共沉淀（IP）、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程，提供高质量的数据结果，并为后续研究提供强有力的参考依据。
样本起始量与送样建议
样本类型
起始量
原代细胞/细胞系
>1×107个
动物及临床脏器组织/脑组织等
>100mg
植物根/茎/叶等
>5g
注意事项：
① 甲醛交联效果直接影响后续检测，请尽量参照样本指南处理。
② IP富集每种样本的富集效率有比较大的差别，所以有条件的话尽量多准备一些样本并做好备份。对于一些特殊样本，比如动物组织中的皮肤，软骨等，植物中多糖含量比较高样本等，请联系技术人员确认送样细节；
③ IP实验的成功与抗体直接相关，请选用商业化ChIP级别抗体，每个样本每个指标需10-20ug抗体。
④ 更加详细的样本准备指南，请发送邮件至 market@lc-bio.com 索要或联系驻地销售
生物信息学分析流程与分析内容
具体生信分析内容
分析大类
具体分析内容
基础数据分析
基因组比对分析
交联互作相关分析
Reads在基因组及染色质上分布分析
PCA分析
样本相关性分析
基因组Peak分析
Peak关联基因GO富集分析
Peak关联基因KEGG富集分析
富集区域Motif分析
差异数据分析
差异Peak注释（基因功能元件及基因组分布特征）
差异Peak相关Reads区域分布图
差异Peak热图/火山图等
差异Peak关联基因GO富集分析
差异Peak关联基因KEGG富集分析
差异Peak及特定Peak关联基因/片段Motif分析
拓展材料——联川生物ChIP-seq基础知识科普
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