背景简介
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遗传图谱也叫连锁遗传图谱（Genetic linkage map），是指基因或DNA分子标记在染色体水平上的相对位置与遗传距离，通常以基因或DNA片段在染色体交换过程中的重组频率来描述，单位为厘摩尔（cM）。例如两个基因或两个分子标记之间的遗传距离为0.8cM表示减数分裂时的重组频率为0.8%。这里的遗传距离指的是相对距离而不是染色体上的物理距离。两者的遗传距离越近，发生重组的概率就会越低，反之亦然。 数量性状是指表型呈现连续变化的性状，如株高抗病能力等容易受到多种因素的影响。控制数量性状的基因在基因组上的位置被称作数量性状基因座（Quantitative Trait Locus, QTL）。 寻找QTL在染色体上的位置并估计其遗传效应，称作QTL作图（QTL mapping）。构建图谱需要有大量的分子标记作为辅助，传统的分子标记包括RFLP、SSR等。但是用这些标记去定位区间存在标记密度过低，构建费时费力等问题，逐渐被SNP标记给替代。利用全基因组重测序或简化基因组测序的方法得到高密度的SNP标记定位QTL已经成为主流。
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应用领域
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QTL定位： 通过表型性状与标记间的关联分析来确定各个 数量性状位点在染色体上的位置、效应及各个 QTL间的 相互作用。 |
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辅助基因组组装： 通过带有序列信息的遗传图谱，将组装的scaffold 进行进一步的链接，并定位到染色体上，以获得基 因组精细图谱。 |
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分子标记辅助育种： 获得与性状紧密连锁的标记，根据标记序列设计 引物，直接应用于群体中的性状筛查。 |
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比较基因组学研究： 利用高密度遗传图谱上标记的宏观共线性，揭示 不同物种间染色体或片段上的共线性，分析相关 物种基因组结构和进化历程。 |
方案设计
分析内容
样本类型和测序方案
取样类型：具有重要性状的亲本，杂交或自交能产生后代。
子代群体包括暂时分离群体F1、F2和永久分离群体RIL、NIL等
作图群体：父本母本各一个，子代数量150个起。随机挑选作图群体。
测序深度：亲本20-30X，子代3-5X