8月19日，Moderna与默沙东宣布：个体化mRNA新抗原疗法intismeran autogene（原mRNA-4157/V940）联合帕博利珠单抗，在1,137例完全切除的高危黑色素瘤患者中，同时达到无复发生存期（RFS）主要终点和无远处转移生存期（DMFS）关键次要终点。这是个体化新抗原疗法首次取得III期阳性结果，也是mRNA技术在肿瘤治疗晚期临床试验中的关键突破。

这是一项术后辅助治疗研究，目标是在肉眼看不到肿瘤、但可能仍存在微小残留病灶时，降低复发与远处转移风险。目前公布的仍是预设中期分析，完整数据、绝对获益、亚组结果及总生存期还需后续披露。

真正值得关注的是另一件事：每位患者的肿瘤突变都不一样，如何从肿瘤组织中，筛选出有用的新抗原，并证明RNA疫苗确实诱导并识别肿瘤的T细胞？仅仅开展外显子组测序，是无法回答上述问题的，必须借助多组学技术，依次验证抗原筛选、免疫应答、作用机制与临床结局之间的关系。

一、个体化癌症疫苗下，多组学技术究竟可以发挥什么作用？

个体化癌症疫苗的第一步，是比较患者肿瘤组织与正常组织（血液）、癌旁组织中的基因组信息，借助靶向Panel测序、外显子测序或全基因组测序寻找只存在于肿瘤细胞中的体细胞突变（Somatic Mutation）。

但“存在突变不等于“适合接受肿瘤疫苗治疗：突变是否产生转录本继而翻译成蛋白，亦或是可能只存在于少数亚克隆，也可能无法被患者的HLA分子有效呈递。即使候选抗原预测正确，疫苗注射后是否激活T细胞、激活了哪类T细胞、克隆能否长期存在、是否真正识别自体肿瘤，仍要逐层验证。

因此，一个有解释力的研究链条应该是：

肿瘤突变 → 突变转录表达 → HLA呈递潜力 → 特异性T细胞扩增 → 免疫状态重塑 → 自体肿瘤识别 → 复发风险变化。

其中，下面的5种组学技术非常关键：

① 全外显子组测序（WES）负责找到突变并评估克隆性；

② 常规转录组（Bulk RNA-seq）确认这些体细胞突变是否表达关键通路的RNA信息；

③ 单细胞免疫组测序可同时获得单细胞RNA表达与单细胞TCR序列信息，把TCR克隆和细胞表型对应起来；

④ 常规TCR测序（Bulk TCR-seq）承担多时间点、低成本的纵向追踪；

⑤ Olink蛋白组学捕捉患者血液中细胞因子和免疫调控变化；

⑥ （可选）ctDNA-MRD、影像学及临床随访则把免疫学应答锚定到真实疾病结局。

图1｜个体化新抗原疫苗的证据闭环

图1｜从肿瘤/正常WES、RNA表达与HLA呈递，到TCR克隆、免疫网络和MRD/RFS/DMFS，形成从患者层面关联抗原、免疫反应与临床结局。

二、癌症疫苗课题设计建议：全队列纵向监测＋多组学

不同研究目的对应不同样本量，并且有不同的研究侧重点——

① 若重点是验证可行性和免疫机制，可先开展10–20例深度探索队列；

② 若希望比较应答者与非应答者、复发与未复发患者，建议将纵向临床队列扩大至50–100例以上，并预留足够事件数；

③ 成本较高的单细胞组学可嵌套选择10–20例代表性患者做配对的高分辨率解析；

④ 若目标是证明临床疗效，则必须根据RFS、DFS或DMFS等主要终点正式计算样本量，通常需要更大规模的随机对照设计，不能用经验人数替代，但必须符合临床统计学规则。

图2｜个体化RNA癌症疫苗多组学技术路线

图2｜建议以“定靶—制备—纵向监测—多组学整合—临床结局为主轴，统一记录组织、血液、时间点和临床结局。

三、样本怎么留？时间点怎么定？

样本设计决定了后面能回答什么问题。手术肿瘤组织应尽可能同时留取三类材料：一份FFPE用于经典病理检查、WES及Smart Pico微量转录组测序；一份冷冻或新鲜手术/穿刺组织可用于单细胞VDJ免疫组测序、肿瘤浸润T细胞分析和自体肿瘤培养，同时必须保留癌旁组织、正常组织以及外周血样本，帮助识别肿瘤特异性状态。配对全血或白细胞用于胚系对照和HLA分型。

外周血最好一次采集后分离成PBMC、血浆和外周血提取后的DNA三部分。PBMC用于Bulk TCR-seq、流式、ELISpot及关键时间点的单细胞免疫组测序；血浆强烈建议用于Olink蛋白组学检测，经费允许可对ctDNA展开MRD检测。FFPE、新鲜或冻存组织均可进入WES与Bulk RNA-seq，但单细胞免疫组VDJ测序优先使用新鲜组织或规范冻存的细胞悬液。只有冻存组织时可考虑单细胞（抽核）转录组，但其通常不能像新鲜组织那样恢复完整TCRα/β配对信息。

时间轴可参考“基线T0—启动期T1—应答峰值T2—加强针后T3—长期随访T4设计。学术队列可在治疗前、2–4周、8–16周、20–24周及此后每3–6个月采血；若出现影像学变化或复发，应尽可能追加组织和血液。所有患者至少完成WES、Bulk RNA、Bulk TCR和血浆蛋白组，单细胞放在关键配对时间点和代表性亚组，才能兼顾样本量、纵向性与研究成本。

四、经典案例解析——2025年这篇Nature告诉大家9例患者开展完整机制链论证闭环？

2025年，哈佛Dana-Farber Cancer Institute等多个团队在Nature发表I期研究，为9例高危、完全切除的透明细胞肾细胞癌患者制备个体化长肽新抗原疫苗。需要说明的是，这篇研究采用的是合成长肽疫苗，而不是mRNA制剂；但从新抗原发现到免疫监测的研究框架，对RNA癌症疫苗具有很强的迁移价值。

问题1：疫苗如何从肿瘤里设计出来？

研究以FFPE肿瘤和配对外周血开展WES，并用肿瘤组织的Bulk RNA-seq确认候选突变是否表达，再综合突变质量、HLA结合预测、克隆性、驱动基因属性和多肽可合成性筛选抗原。每例肿瘤中位检出45个高质量编码突变，最终中位纳入15条疫苗肽；7/9患者的疫苗覆盖VHL、PBRM1、BAP1、KDM5C或PIK3CA等驱动突变。

问题2：疫苗是否产生免疫原性？

9例患者均产生疫苗特异性T细胞反应，中位可识别7条候选疫苗肽。大部分应答来源于CD4 T细胞，呈抗原经历型记忆表型，并具有多细胞因子分泌能力。针对常见肾癌驱动突变的7条疫苗肽中，6条在体外刺激后表现出免疫原性，说明低突变负荷肿瘤并非一定缺少可利用的新抗原。

的Olink结果同样关键。作者使用Olink Target 96 Immuno-Oncology Panel检测治疗前、第3周和第20周血浆，观察到IL-12、IL-18、CD27/CD28/CD70及Granzyme A等免疫激活信号上升。

与此同时，PD-1、LAG3、CSF1和VEGFA等免疫抑制、髓系调控或血管生成信号也同步增强。

换句话说，疫苗诱导的不是单方向免疫升高，而是激活与代偿并存的系统性免疫重塑，这也为联合治疗和耐药机制研究提供了候选轴。

 

问题3：局部接种位点发生了什么？

作者在治疗前和接种后对皮肤进行活检，开展单细胞免疫组测序，获得了单细胞维度的mRNA和TCR信息。接种后髓系和淋巴系细胞浸润增加，T细胞独特克隆数显著上升，而总体TCR多样性没有明显改变；细胞毒性T细胞和增殖型NK细胞呈增加趋势，PRF1、GZMB和IFNG等效应程序被增强。这说明单细胞免疫组不仅能看到“细胞比例变了，还可以把克隆扩增与功能状态连接起来。

回答4：这些T细胞能否持续并识别肿瘤？

作者在治疗前及第3、8、12、20、24周采集外周血，以Bulk TCRβ测序追踪克隆；同时对肿瘤和迟发型超敏反应皮肤活检开展单细胞免疫组测序。

通过单细胞TCR与外周血Bulk TCR的序列匹配，研究锁定98个疫苗扩增T细胞克隆：接种后3周内平均扩增166倍，部分克隆可持续3年。

最终，7/9患者的外周T细胞能够识别自体肿瘤细胞，形成“疫苗抗原—TCR克隆—功能表型—肿瘤识别的闭环证据。

中位随访40.2个月时，9例患者均未复发。但这是无随机对照的小样本I期研究，足以支持安全性、免疫原性与机制可行性，却不能单独证明疫苗降低了复发风险。这个边界必须在新闻传播和方案设计中说清楚。

五、从热点获得课题启发，关键是预先定义问题

对于希望开展RNA癌症疫苗临床研究的高校和医院团队，建议在项目启动前明确四个层次的问题：

第一，哪些突变真正表达并可能被HLA呈递；

第二，哪些T细胞克隆被疫苗扩增，它们属于CD4、CD8还是耗竭/记忆状态；

第三，这些克隆能否长期存在并与系统性免疫变化相对应；

第四，免疫应答是否与ctDNA下降、影像学缓解或复发风险相关。

相应地，WES＋Bulk RNA完成定靶，scRNA＋scTCR解释谁在应答、处于什么状态，Bulk TCR负责能否长期追踪，Olink揭示全身免疫网络如何重塑，ctDNA-MRD、影像和临床随访完成是否转化为疾病控制的临床锚定。

研究中还应预先记录治疗方案、疫苗剂次、免疫联合用药、病理分期、肿瘤负荷和不良事件，避免组学数据与临床信息脱节。

真正高质量的多组学方案，不是把检测项目越堆越多，而是让每项技术在证据链中各司其职：从找到了新抗原，继续回答诱导了哪群T细胞为何有人应答、有人不应答这些克隆是否持续最终是否识别肿瘤并关联复发风险。Moderna的III期突破点燃了热度，而下一批高质量论文和临床证据，将来自能够把抗原筛选、免疫反应和临床结局进行纵向关联的研究设计。

参考文献

1. Nature News. Moderna cancer vaccine stops melanoma returning: what’s next for personalized treatments? 20 August 2026. DOI: 10.1038/d41586-026-02612-3。

2. Braun DA et al. A neoantigen vaccine generates antitumour immunity in renal cell carcinoma. Nature 639, 474–482 (2025). DOI: 10.1038/s41586-024-08507-5。

3. Weber JS et al. Individualised neoantigen therapy mRNA-4157 (V940) plus pembrolizumab versus pembrolizumab monotherapy in resected melanoma (KEYNOTE-942). The Lancet 403, 632–644 (2024)。

说明： 文中样本量和采样框架用于科研方案规划，不是适用于所有癌种或终点的固定标准；正式临床试验须结合主要终点、预期效应量、脱落率和监管要求完成统计学设计。