三代全长转录组测序样本送样指南
1、样品包装
从液氮或-80 °C 冰箱取出的组织样品 (建议用冻存管存放组织样品;若选用弹开式离心管放置样品,请确认已用 Parafilm 密封管口) ,植物样品若使用锡纸包送样,需在锡纸包放入自封袋中,并在自封袋上标注样品编号。请选用保温性好的泡沫盒 (建议壁厚 2 公分以上)进行样品存放,准备大约 8~ 10 公斤块状干冰 (干冰易挥发) 以提供低温保存环境。不同提取样本请务必分开包装:
例 1 :一株植物根、茎、叶均提取,在送样前务必将此3类组织分开包装;
例 2 :果肉和种子提取,请务必在样品液氮速冻前将种子和果肉分开包装速冻。
对于样品数量较多的项目请按名称或信息单中样品顺序按每 5- 10 个样品的小包进行一个中包,最后将中包汇总成一个大包,方便后续统计。
2 、细胞样本送样要求
贴壁细胞的处理:
1) 从培养箱取出贴壁细胞,显微镜下观察细胞形态,确定生长状态良好无污染后,弃培养基;
2) 加入与培养基等体积的无酶水配制的1×PBS ,静置 1min ,吸弃PBS ,重复一次;
3) 加入适量裂解液轻柔反复吹打至充分裂解;
注: 以TRIzol Reagent (Invitrogen ,15596-018) 为例,10- 15cm 的大皿,每次先添加 1mL,吹打混匀,裂解充分的标准为吹打时液体不粘稠,流动性好。如果液体过于粘稠说明还未裂解充分,需继续添加裂解液,每次添加的量建议为100uL左右持续添加,直到液体不粘稠为止;
4) 转移至耐- 192℃低温的螺纹口冻存管后,-80℃冰箱长期保存,干冰运输;
5) 全长cDNA细胞总量≥ 1
X
107 个起送,DRS细胞总量≥5
X
107 个起送。
悬浮细胞的处理:
1) 选取生长状态良好的细胞悬液;
2) 1000g 4℃离心10min ,得到细胞沉淀弃培养基 ;
3) 加入适量RNase-Free水配制的1×PBS后,宽口枪头轻柔吹打重悬细胞沉淀,然后1000g 4℃离心5min ,弃PBS ,重复一次;
4) 加入适量TRIzol裂解液反复吹打至充分裂解 (裂解标准同上面的贴壁细胞处理方式类
似) ;
5) 转移至耐- 192℃低温的螺纹口冻存管后,-80℃长期保存,干冰运输。
6) 全长cDNA细胞总量≥ 1
X
107个起送,DRS细胞总量≥5
X
107个起送。
a. 勿将干冻的细胞直接寄送, 因为细胞冷冻的过程中冰晶很容易刺破细胞,破碎的细胞更容易发生RNA降解;
b. 细胞样品勿用胰酶消化,胰酶会消化细胞膜上的膜蛋白,导致细胞破裂,破裂的细胞会释放核酸酶;
c. 如果不经过TRIzol处理,则样本准备完成后立即放入液氮速冻10min 以上,然后足量干冰运输。
3 、组织样本送样要求
3.1 植物组织
较老组织RNA含量低,次生代谢物含量相对较高,所以尽量选择健康、幼嫩的新鲜组织样本,采样流程如下:
1) 用70%酒精将样本表面的杂质冲洗干净,吸水纸蘸干,再取新鲜组织;
注:如果是活体取样,尽量在活体上进行前处理后再取样。
2) 如果组织体积较大,将组织剪切成小块;
3) 全长转录组送样量须达到至少0.5g ,DRS送样量须达到至少2g;将处理好的组织样本保存于2 mL或更大体积的EP管中或使用锡箔纸包裹组织,标注信息。
4) 迅速置于液氮中冷冻20min
以上,然后单个样品放于自封袋中,转移至-80 °C长期保存;
5) 运送方式:足量干冰运输。
注意事项:
1 、优先选用新鲜采集的样品活株送样;
2 、新鲜,幼嫩,特别是林木类的物种更加要新鲜幼嫩;
3 、不要直接将叶片组织放在自封袋;
4 、做好预处理,要分管送,避免处理的时候反复冻融。
3.2 动物组织/ 临床样本
1) 取新鲜组织,组织体积要小,尽量长宽高≤0.5cm ,所切组织块的大小可参考绿豆颗粒的大小, 送样量须达到至少0.2g;
2) 去除非研究的组织类型 (如结缔组织,脂肪组织等) ,如果是临床病变组织,要正确判断病变以及正常组织,将病变组织周围的正常组织去除干净,反之亦然;
3) 迅速用 2-6℃预冷 RNase-Free 水配制的 1 ×PBS 或生理盐水清洗组织表面的血迹和污渍,使用无尘纸巾吸干表面的液体;
4) 处理好的组织迅速放入预冷好的已写好样本信息的 RNase-Free 的带螺纹口的耐
- 192℃超低温冻存管中,置于液氮速冻1小时后于-80℃长期保存;
5) 足量干冰运输,在RNA提取前避免样本反复冻融。
