转录调控组学

三代全长转录组测序
  • 送样建议

 三代全长转录组测序样本送样指南

1、样品包装

从液氮或-80 °C  冰箱取出的组织样品 (建议用冻存管存放组织样品;若选用弹开式离心管放置样品,请确认已用 Parafilm  密封管口) ,植物样品若使用锡纸包送样,需在锡纸包放入自封袋中,并在自封袋上标注样品编号。请选用保温性好的泡沫盒 (建议壁厚 2  公分以上)进行样品存放,准备大约 8~ 10  公斤块状干冰 (干冰易挥发) 以提供低温保存环境。不同提取样本请务必分开包装:

例 1 :一株植物根、茎、叶均提取,在送样前务必将此3类组织分开包装;

例 2  :果肉和种子提取,请务必在样品液氮速冻前将种子和果肉分开包装速冻。

对于样品数量较多的项目请按名称或信息单中样品顺序按每 5-  10  个样品的小包进行一个中包,最后将中包汇总成一个大包,方便后续统计。

 

 

2 、细胞样本送样要求

贴壁细胞的处理:

1)   从培养箱取出贴壁细胞,显微镜下观察细胞形态,确定生长状态良好无污染后,弃培养基;

2)  加入与培养基等体积的无酶水配制的1×PBS ,静置 1min ,吸弃PBS ,重复一次;

3)  加入适量裂解液轻柔反复吹打至充分裂解;

注: 以TRIzol Reagent (Invitrogen ,15596-018) 为例,10- 15cm  的大皿,每次先添加 1mL,吹打混匀,裂解充分的标准为吹打时液体不粘稠,流动性好。如果液体过于粘稠说明还未裂解充分,需继续添加裂解液,每次添加的量建议为100uL左右持续添加,直到液体不粘稠为止;

4)  转移至耐- 192℃低温的螺纹口冻存管后,-80℃冰箱长期保存,干冰运输;

5)  全长cDNA细胞总量≥ 1X107 个起送,DRS细胞总量≥5X107 个起送。

 

 

悬浮细胞的处理:

1)  选取生长状态良好的细胞悬液;

2)     1000g 4℃离心10min ,得到细胞沉淀弃培养基 ;

3)  加入适量RNase-Free水配制的1×PBS后,宽口枪头轻柔吹打重悬细胞沉淀,然后1000g 4℃离心5min ,弃PBS ,重复一次;

4)   加入适量TRIzol裂解液反复吹打至充分裂解 (裂解标准同上面的贴壁细胞处理方式类

似) ;

5)  转移至耐- 192℃低温的螺纹口冻存管后,-80℃长期保存,干冰运输。

6)  全长cDNA细胞总量≥ 1X107个起送,DRS细胞总量≥5X107个起送。

a.   勿将干冻的细胞直接寄送, 因为细胞冷冻的过程中冰晶很容易刺破细胞,破碎的细胞更容易发生RNA降解;

b.   细胞样品勿用胰酶消化,胰酶会消化细胞膜上的膜蛋白,导致细胞破裂,破裂的细胞会释放核酸酶;

c.   如果不经过TRIzol处理,则样本准备完成后立即放入液氮速冻10min 以上,然后足量干冰运输。

 

 

 

3 、组织样本送样要求

3.1 植物组织

较老组织RNA含量低,次生代谢物含量相对较高,所以尽量选择健康、幼嫩的新鲜组织样本,采样流程如下:

1)  用70%酒精将样本表面的杂质冲洗干净,吸水纸蘸干,再取新鲜组织;

注:如果是活体取样,尽量在活体上进行前处理后再取样。

2)  如果组织体积较大,将组织剪切成小块;

3)  全长转录组送样量须达到至少0.5g ,DRS送样量须达到至少2g;将处理好的组织样本保存于2 mL或更大体积的EP管中或使用锡箔纸包裹组织,标注信息。

4)  迅速置于液氮中冷冻20min以上,然后单个样品放于自封袋中,转移至-80 °C长期保存;

5)  运送方式:足量干冰运输。

注意事项:

1 、优先选用新鲜采集的样品活株送样;

2 、新鲜,幼嫩,特别是林木类的物种更加要新鲜幼嫩;

3 、不要直接将叶片组织放在自封袋;

4 、做好预处理,要分管送,避免处理的时候反复冻融。

 

 

3.2 动物组织/ 临床样本

1)  取新鲜组织,组织体积要小,尽量长宽高≤0.5cm ,所切组织块的大小可参考绿豆颗粒的大小,  送样量须达到至少0.2g;

2)   去除非研究的组织类型 (如结缔组织,脂肪组织等) ,如果是临床病变组织,要正确判断病变以及正常组织,将病变组织周围的正常组织去除干净,反之亦然;

3)  迅速用 2-6℃预冷 RNase-Free  水配制的 1  ×PBS  或生理盐水清洗组织表面的血迹和污渍,使用无尘纸巾吸干表面的液体;

4)   处理好的组织迅速放入预冷好的已写好样本信息的 RNase-Free   的带螺纹口的耐

- 192℃超低温冻存管中,置于液氮速冻1小时后于-80℃长期保存;

5)  足量干冰运输,在RNA提取前避免样本反复冻融。