表观组学

酶学转化法DNA甲基化测序(EM-seq)
  • 送样建议

EM-seq样本送样指南

1. 动物组织/临床组织采集

①  取新鲜组织( 50~100 mg ),组织体积要小 ,尽量长宽高≤0.5cm ,考虑到可操作性 ,所切组织块的大小可参考绿豆颗粒 的大小

②  去除非研究的组织类型(如结缔组织 ,脂肪组织等),如果是临床病变组织的取材要正确判断病变以及正常组织 ,应将病 变组织周围的正常组织去掉 ,反之亦然。

③  迅速用 2-6℃预冷 Nuclease-Free 水配制的 1 × PBS 或生理盐水清洗组织表面的污渍 ,吸干表面的液体

④   处理好的组织迅速放入预冷好的已写好编号的 Nuclease-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管中 ,液氮速冻 1  h 后于-80 ℃长期保存,在 DNA 提取前避免反复冻融。如只做 DNA实验 ,没有条件的情况下可以不做液氮速冻 ,直接-80  ℃ 冻存。

注意事项:

a. 如果实验室没有条件,如缺乏液氮、干冰以及-80 ℃冰箱等条件下,需要 DNA Locker及类似组织保存液保存的样本,严 格按照操作说明进行,组织块需切成长宽高为0.5 cm 的小块,组织块过大会影响 DNA Locker 渗透入组织内部的效率,组 织块过大也会造成 DNA Locker无法完全覆盖组织,而未被 DNA Locker覆盖的组织部位极易被核酸酶降解;

b. 不允许寄送用裂解液保存的组织样本,因为实验中发现用Trizol保存的组织样本,无论是研磨好的粉末还是切割好的组 织块,所抽提的DNA 质量普遍很差;

c. 动物及临床组织不要使用锡箔纸包裹,锡箔纸容易与动物及临床组织粘一起,DNA 抽提的过程锡箔纸容易带入,引起污染。

 

2. 细胞样品的采集

贴壁细胞的处理

①    从培养箱取出贴壁生长细胞( 3~5 × 106 个细胞),显微镜下观察细胞确定生长状态良好。弃培养液。

②   加入无酶水配制的 1 × PBS 后 ,平放轻轻摇动 1 min 洗涤细胞 ,然后弃去 PBS ,洗 2 次以洗去培养液

③    将培养皿置于冰上。向培养皿内加入 4  ℃预冷的 PBS。用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快),冰上 斜置培养皿 ,使得缓冲液流向一侧。移液管吸取至预冷的离心管内。200-1000g 离心 5 min-10 min 去上清

④  转移至-192℃低温的螺纹口冻存管 液氮速冻 1 h 后 ,转移至-80  ℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。如只做 DNA 实验 ,没有条件的情况下可以不做液氮速冻 ,直接-80 冻存

 

 

悬浮细胞的处理

①   选取生长状态良好的细胞悬液( 3~5 × 106 个细胞)

②    200-1000 g 离心 5-10 min ,得到细胞沉淀弃培养基。

③   加入 3 mL Nuclease-Free 水配制的 1 × PBS 后 ,悬起细胞沉淀 ,然后用 200 g 离心 5 min ,弃 PBS ,洗 2 次。

④  转移至-192℃低温的螺纹口冻存管 液氮速冻 1 h 后 -80  ℃长期保存或通过干冰运输寄出。如只做 DNA 实验 ,没 有条件的情况下可以不做液氮速冻 ,直接-80  ℃冻存。

 

3. 植物组织组织采集

①    选取新鲜、幼嫩、生长旺盛的组织部位( 200~300 mg ),植物组织越幼嫩越新鲜所含的次生代谢产物越少 ,随着植物 的逐渐成熟 ,所含的次生代谢产物产量越来越多 ,而次生代谢产物会影响 DNA 的抽提

②   (部分植物样本可选做)迅速用预冷的 Nuclease-Free 水配制的 1 × PBS 或生理盐水清洗组织表面的污渍 ,吸干表面的 液体。用剪刀剪切成合适的大小(若非特殊情况 ,长度最好不要超过 10 cm )

③   处理好的组织迅速放入预冷好的已写好编号的 Nuclease-Free 的-192 ℃低温的螺纹冻存管中 ,或用标记好名称的锡 箔纸包裹好 液氮速冻>1 h ,转移到-80 ℃长期保存 ,在 DNA 提取前避免反复冻融 ,干冰寄送样本。如只做 DNA 实 ,没有条件的情况下可以不做液氮速冻 ,直接-80 ℃冻存。

 

4. 全血/外周血样本搜集

 

 


 

紫色EDTA采血管

 


 

紫色 EDTA 采血管采集方式 :

①    样本采集前 ,先用 75%的酒精棉由内向四周对采血部位进行消毒

②   采血 2~5 mL 至特定的采血管中 ,数量达到负压允许的最大值 ;

③   样本采集完成后 ,立即轻柔颠倒混匀 10 次。动作尽可能平缓 ;

④   混匀完毕后 ,转入耐-192℃低温的螺纹口冻存管 ,液氮速冻 1 h 后 ,转入-80℃冰箱保存 ,干冰运输。如只做 DNA 实 ,没有条件的情况下可以不做液氮速冻 ,直接-80 ℃冻存。

 

5. 石蜡组织

手术/活检组织石蜡块

 

 

从医院病理科切取手术组织总量≥25 mg(绿豆大小 ),活检组织长度>1 cm ,需 2-3 条 ,蜡块完整 ,无磕碰损伤的石 蜡包埋组织。将蜡块放入蜡块托中 ,写好样本编码。然后将该样本提交单装入自封袋 ,与样本一起常温运输。

手术/活检组织石蜡卷片

从医院病理科切取组织厚度≥8~10 μm 的石蜡卷片 ,手术组织 5-10 张(组织>1 ×1 cm2 ), 10-20 张(组织<1 × 1 cm2 ), 穿刺组织 20-25 张。将切好的卷片放置于 1.5 mL 无菌离心管中 ,每管最多放置 5 张 ,用封口膜将管盖封好 ,并在管壁上写     好样本编码。然后将该样本的提交单装入自封袋 ,与样本一起常温运输。

手术/活检组织石蜡切片

从医院病理科切取组织厚度≥8~10 μm 的石蜡卷片 ,手术组织 5-10 张(组织>1 ×1 cm2 ), 10-20 张(组织<1 × 1 cm2 ), 穿刺组织 20-25 张。将切片平整放置在经过防脱处理的粘附载玻片中心位置 ,以样本区域无褶皱、气泡或明显刀痕为准。将     贴片放置于专用的病理切片盒中 ,在贴片盒盖与盒身各写上样本编码。然后将该样本提交单 ,装入自封袋 ,与样本一起常温     运输。

注意事项

a. 送样优先顺序:石蜡块石蜡卷石蜡切片

b. 所有石蜡组织样本需尽量送检一年以内的样本,不得超过 18 个月,建议提供一张免疫组化或组化染色切片

c. 新制切片常温放置应在 1 周以内,2-8 ℃放置应在 1 个月以内,-20 ℃贮存应在 6 个月以内

 

d. 强烈建议每个贴片盒中只存放一个患者的样本;若需与其他患者样本放在一起,必须做间隔区分,防止样本接触造成污染

 

 

 

 

 

e. 强烈不建议使用添加瓦楞纸或自折 Z 形纸摆放石蜡切片,因运输过程中的碰撞会导致石蜡切片挤到一起,造成切片破损或 样本污染。

 

石蜡组织容器



6. 细菌样本采集致病菌需要灭活后提 DNA 送样):

一次反应所需细菌的量≤1 ×107 个

①   显微镜下观察细菌生长状态 ,收集对数期的

 

②   将适量体积的菌液转移至 2 mL 旋盖尖底 Nuclease-Free 离心管中 ,室温或 4  ℃下 14000 g 离心 4-10 min

③   弃尽培养基 ,将细菌沉淀迅速置于液氮速冻>1 h ,然后转移至-80 ℃或液氮中长期保存

④    运输方式 :干冰运输

 

细菌灭活法(适用于 DNA 测序):

①   菌液体培养物混匀 ,取 3 mL 入 15 mL 离心管 ,加入 7 mL 无水乙醇混匀(至乙醇终浓度为70% )室温处理 2 小时

②    4500 g 离心 10 min ,沉淀菌体 ,弃上清

③   加入 1-1.5 mL 无菌 PBS 或生理盐水重悬 ,转移至 1.5 mL 离心管 8000 g 离心 10 min ,弃上清

④   再加入 1 mL 无菌 PBS 或生理盐水重悬 ,再次 8000 g 离心 10 min ,弃上清

⑤    沉淀可进行 DNA 提取实验或冷冻保存。

注意事项上述体积可根据实际情况调整,需要注意的是不论体积如何,加入乙醇使终浓度是70%-75%,加入 PBS 或生理盐 水的作用是去除残余的乙醇,可增大体积或增加洗涤次数。

7. 真菌样本采集

一次反应所需真菌的量≤50 mg ,将真菌称重 ,分装多管 ;将称重后的真菌置于预冷的耐-192 ℃超低温螺纹冻存管中 , 迅速投入液氮 ,速冻时间>1 h ,转入-80  °C 长期保存或用干冰直接寄出。

8. DNA 样本

DNA 总量≥1  μg ,不降解或轻微降解 ,浓度≥30 ng/μL ,体积>20 μL OD260/280 =1.7~2.2 ,一般要求主条带清晰 , 无降解 ,如果发生部分降解 ,降解片段应在 1500 bp 以上。在管壁上写明样本编号 ,然后将该样本的提交单装入密封袋 ,与 样本一起冰袋运输。-80 ℃保存。