表观组学

三维基因组(Hi-C)
  • 送样建议

Hi-C样本送样指南


1. 动物细胞系

(1)从培养箱中取出细胞,显微镜下观察,确定生长状态良好且无支原体污染和其它污染

(2)取合适时期的细胞,使用冻存管分装细胞数量 10^ 6~10^ 7个/管,建议准备 1 管备份,500~800 g

离心 5 min,吸弃培养液,1 mL 室温 1 x PBS 清洗细胞 1 次,离心后吸弃上清 PBS

(3)加入 200μL~1mL 细胞冻存液(10%DMSO+90% FBS),轻轻吹打细胞沉淀混匀,慢速降温冻存

梯度降温:4℃ 10 min→ -20℃ 30 min→ -80℃ 16~18 h(过夜);或者

程序降温:使用等速降温机或程序降温盒以-1~-3℃/min 降至-80℃

注意:若细胞沉淀量较少,需减少细胞冻存液的体积(200μL 即可),避免大体积离心弃上清损失细胞。

动物细胞 Hi-C,也可以不加冻存液慢速冻存,即收集细胞使用 PBS 清洗后将细胞沉淀直接液氮速冻。

若按以上加冻存液慢速冻存,对于我们后续建库实验会更加顺利

对于动物细胞系 Hi-C,若客户对先进行甲醛交联有需求且能自己完成,则可按以下方法进行交联:

(1)收集细胞沉淀(10^6~10^7),室温 1 x PBS 清洗一次,5mL PBS 重悬(细胞量少沉淀量少时,

缩小交联体系,一般在 1~5mL 之间)。

(2)5mL 体系中加入 285μL 37%甲醛(甲醛终浓度 2%),室温旋转交联 15min

(3)加入 755μL 2M 甘氨酸(终浓度 0.25M)室温旋转 5min 终止交联。

(4)室温 1 x PBS 清洗一次,500~800g 离心弃上清,将细胞沉淀液氮速冻,-80℃保存。

若细胞已经过甲醛交联,送样信息单中一定要备注:已经过甲醛交联。

2. 动物血液

(1)采集血液后迅速注入 EDTA 抗凝管中(不可使用肝素),轻柔上下颠倒充分混匀;

(2)将血液转移至冻存管中液氮速冻或直接放入-80℃冰箱保存。若同城,也可冰袋运输,当天送达。

(3)哺乳动物≥3 mL 血液; 非哺乳动物≥1 mL 血液。

3. 动物组织

动物组织优先推荐心肝脾肺肾脏、脑、肌肉等内脏组织,部分组织的实验难度较大(例如皮肤、脂肪、

肠道、骨骼、性腺等分离细胞很困难的组织)。

(1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织、毛发等非研究所需的组织;

(2)迅速用预冷的 PBS 溶液或生理盐水将组织表面的残留血液与污物冲洗干净;

(3)迅速用吸水纸吸干表明残留液体,然后装入无菌冻存管中,立即液氮速冻,-80℃保存;

(4)组织量≥0.5g,建议准备 1 管备份。

4. 植物组织

(1)从植物体上取下新鲜幼嫩、生长旺盛的组织,用无菌水冲洗干净,吸水纸将样品表面吸干;

(2)将处理好的组织样本立即液氮速冻,-80℃保存;

(3)组织量≥1g,建议准备 1 管备份。

5. 微生物单菌

(1)显微镜下观察生长状态,收集对数生长期的菌体,勿使用已进入平台期或衰老期的菌体;

(2)室温下合适转速 离心 5min 弃尽培养基,室温 1 x PBS 清洗细胞一次, 离心后吸弃上清 PBS

(3)将菌体细胞沉淀立即液氮速冻,-80℃保存;

(4)菌体细胞量≥10^9 个细胞/管,建议准备 1 管备份。