ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）样本送样指南
1 贴壁细胞
1)当细胞（所需细胞数量1×107–5×107 个）达到生长周期时，弃掉培养基，加入PBS（约70%培养液体积，室温）清洗一次，弃掉PBS。
2)直接在培养皿中加入PBS（含终浓度1%甲醛 (Sigma-Aldrich, cat. no. F8775)，用前配置），在室温慢摇10分钟（固定时间一般5-15分钟，非常重要，需要进行甲醛交联）。
配方：PBS+1%甲醛
举例：如果配1mL的体积，那么即1mL PBS+27μL甲醛（购买甲醛浓度37%，终浓度为1%，加入1/37体积甲醛即可）
3)加入1/20体积2.5M甘氨酸使终浓度为125mM，室温慢摇5分钟终止交联。
4)弃掉溶液，加入冰上预冷的1×PBS漂洗三次。用细胞刮将细胞刮下来并转移至1.5mL离心管中。
5)离心（1000g，4℃，5min），尽量彻底地移除上清。细胞沉淀放入液氮中速冻1min，-80℃或液氮保存。
建议每个样本送2至3管细胞（用于抗体和IP质检以及备份），每一管细胞量为106至107个细胞。如果细胞量极低，可以先联系技术人员咨询。
5.1.2 悬浮细胞
1)当细胞（所需细胞数量1×107–5×107个）达到生长周期时，离心（1000g，4℃，5min）弃掉培养液，加入PBS（约70%培养液体积，室温）清洗一次，再次离心（1000g，4℃，5min）弃掉PBS。
2)加入1/2原培养液体积1xPBS，悬浮细胞，缓慢加入甲醛(1/37体积，Sigma-Aldrich, cat. no. F8775)，至终浓度1%，在室温慢摇10分钟（固定时间一般5-15分钟，非常重要）。
配方：PBS+1%甲醛
举例：如果配1mL的体积，那么即1mL PBS+27μL甲醛（购买甲醛浓度37%，终浓度为1%，加入1/37体积甲醛即可）
3)加入1/20体积2.5M甘氨酸使终浓度为125mM，室温慢摇5分钟终止交联。
4)离心（1000g，4℃，5min）弃上清，加入冰上预冷的1×PBS漂洗三次。
5)离心（1000g，4℃，5min），尽量彻底地移除上清。放入液氮中速冻1min，-80℃或液氮保存。
建议每个样本送2至3管细胞（用于抗体和IP质检以及备份），每一管细胞量为106至107个细胞。如果细胞量极低，可以先联系技术人员咨询。
5.1.3 临床组织和动物组织
1)取新鲜组织约100mg，所切组织块的大小可参考黄豆颗粒大小。去除非研究的组织类型（如结缔组织，脂肪组织等），如果是临床病变组织的取材要正确判断病变以及正常组织，应将病变组织周围的正常组织去掉，反之亦然。将组织在冰上切成厚度1mm以下薄片。
2)加入PBS（含终浓度1%甲醛 (Sigma-Aldrich, cat. no. F8775)，用前配置），在冰上慢摇10分钟（固定时间一般5-15分钟，非常重要）。
配方：PBS+1%甲醛
举例：如果配1mL的体积，那么即1mL PBS+27μL甲醛（购买甲醛浓度37%，终浓度为1%，加入1/37体积甲醛即可）
3)加入1/20体积2.5M甘氨酸使终浓度为125mM，冰上慢摇5分钟终止交联。
4)弃掉溶液，加入冰上预冷的1×PBS漂洗三次，然后将交联好的组织转移至1.5mL离心管中。
5)离心（1000g，4℃，5min），尽量彻底地移除上清。放入液氮中速冻1min，-80℃或液氮保存。
建议每个样本送2至3管（用于抗体和IP质检以及备份），每一管细胞量为106至107个细胞。如果细胞量极低，可以先联系技术人员咨询。
5.1.4 植物组织
试剂及仪器：
l 甲醛（37%，Sigma-Aldrich, cat. no. F8775）
l 2M甘氨酸
l 交联液：400 mM蔗糖，10mM Tris-HCl，pH8.0，1mM PMSF，1mM EDTA，1%甲醛（现配）
l 抽气装置、50ml离心管、移液器、液氮、滤纸、滴管等。
步骤：
1) 约5g植物材料，用剪刀剪成小段（约1-2cm），转入50mL离心管或100mL烧杯。
2) 加入37mL交联液/5g植物组织（36mL交联液+1mL甲醛），确保组织全部浸没在交联液中，组织表面如有气泡，可用滴管轻轻吹吸赶走。
3) 抽气：将装植物组织的容器转移到抽滤容器中，抽滤后放置5min，缓慢打开阀门让空气进入，取出装植物组织的容器，轻轻摇晃。接着继续抽滤5min，放气、摇晃，如此总共进行5次重复操作，总固定时间30 min（拟南芥2-3次，叶片变透明状即可）。
4) 终止交联：加入2.5ml 2M甘氨酸（每37mL交联液体积），混匀，抽滤后放置5min，放气、摇晃，如上步骤3（拟南芥1次即可，水稻需再重复1-2次抽气操作）。
5) 倒掉交联液，用去离子水清洗1-2次，转至滤纸上吸干多余水分，转入50mL离心管中。
6) 液氮速冻，-80°C保存，干冰运输。
注意：甲醛需高质量进口无杂质的品牌如Sigma，否则导致交联失败！甲醛交联时间非常重要，需根据植物材料坚韧程度具体确定，组织呈现一定程度透明状即可终止交联。
5.1.5 ChIP后DNA样品（IP产物）：
1)染色质经IP富集后，需多次清洗免疫磁珠或琼脂糖珠，与目的蛋白结合的DNA需进行解偶联后方可选择微量核酸提取试剂盒或者有机溶剂提取。
2)送样DNA需溶解于纯水中，不能含有高盐、EDTA、去垢剂以及有机溶剂等影响蛋白活性的化学物种，以免干扰DNA建库。
3)送样之前建议使用Qubit检测核酸浓度，只要Qubit能测到浓度即可。NanoDrop 测定IP样品DNA浓度通常有较大偏差。
◆ ChIP-seq样本准备及其他注意事项：
1、 IP富集每种样本的富集效率有比较大的差别，在样本准备时，有条件的话，尽量准备多一些样本并做好备份。对于一些特殊样本，比如动物组织中的皮肤，软骨等，植物中多糖含量比较高的一些样本，请联系技术人员确认送样细节；
2、 IP实验的成功与抗体息息相关，建议选用商业化ChIP级别抗体。抗体量为每个样本每个指标10-20μg抗体。