表观组学

RIP-seq( RNA免疫共沉淀测序)
  • 送样建议

RIP-seq( RNA免疫共沉淀测序)样本送样建议

1 悬浮细胞

1)选取生长状态良好的细胞悬液,去除培养液,并用PBS缓冲液(无RNase酶配制)清洗两次,离心(1000g,4℃,5min)后弃上清。

2)液氮速冻30分钟至1小时-80℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。

3)建议送2至3管细胞(用于抗体和IP质检以及备份),每一管细胞量为107108个细胞,最低不低于5*106个细胞。

 

2 贴壁细胞

1)贴壁培养的细胞先处理成细胞悬液,去除培养液,并用 PBS缓冲液(无RNase酶配制)清洗两次,离心(1000g,4℃,5min)后弃上清。

2)液氮速冻30分钟至1小时-80℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。

3)建议送2至3管细胞(用于抗体和IP质检以及备份),每一管细胞量为107108个细胞,最低不低于5*106个细胞。

 

3 临床组织和动物组织采集

1)取新鲜组织,组织体积要小,尽量长宽高≤0.5cm,所切组织块的大小可参考黄豆颗粒大小。

2)去除非研究的组织类型(如结缔组织,脂肪组织等),如果是临床病变组织的取材要正确判断病变以及正常组织,应将病变组织周围的正常组织去掉,反之亦然

3)迅速用预冷无酶水配制的1×PBS或生理盐水清洗组织表面的污渍,吸干表面的液体;液氮速冻30分钟至1小时-80℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。

4)建议送2至3管样本(用于抗体和IP质检以及备份),每管样本量200mg-1g,最低不低于100mg。

 

4 植物组织组织采集

1)从植物上取下新鲜的组织,如果组织较大可以剪成小块。液氮速冻30分钟至1小时-80℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。

2)送2至3管样本,每管样本量200mg-2g,最低不低于100mg。

 

5 RIP后IP产物RNA样品

1)送样IP产物-RNA需溶解于纯水中,不能含有高盐、EDTA、去垢剂以及有机溶剂等影响蛋白活性的化学物种,以免干扰后续建库实验。

2)送样之前建议使用Qubit检测核酸浓度,只要Qubit能测到浓度即可。NanoDrop测定IP样品RNA浓度通常有较大偏差。


   RIP-seq样本准备及其他注意事项:

1、IP富集每种样本的富集效率有比较大的差别,在样本准备时,有条件的话,尽量准备多一些样本并做好备份。对于一些特殊样本,比如动物组织中的皮肤,软骨等,植物中多糖含量比较高的一些样本,请联系技术人员确认送样细节;

2、IP实验的成功与抗体息息相关,建议选用商业化IP级别抗体。抗体量为每个样本每个指标10-20μg抗体。