基因组学

外显子组测序
  • 送样建议

外显子组测序样本送样指南

1 动物组织/临床组织采集

取新鲜组织(50~100 mg),组织体积要小,尽量长宽高≤0.5cm,考虑到可操作性,所切组织块的大小可参考绿豆颗粒的大小;

② 去除非研究的组织类型(如结缔组织,脂肪组织等),如果是临床病变组织的取材要正确判断病变以及正常组织,应将病变组织周围的正常组织去掉,反之亦然;

迅速用2-6℃预冷Nuclease-Free水配制的1×PBS或生理盐水清洗组织表面的污渍,吸干表面的液体;

处理好的组织迅速放入预冷好的已写好编号的Nuclease-Free的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管中,液氮速冻1 h后于-80 ℃长期保存,在DNA提取前避免反复冻融。如只做DNA实验,没有条件的情况下可以不做液氮速冻,直接-80 ℃冻存。

注意事项

a. 如果实验室没有条件,如缺乏液氮、干冰以及-80 ℃冰箱等条件下,需要DNA Locker及类似组织保存液保存的样本,严格按照操作说明进行,组织块需切成长宽高为0.5 cm的小块,组织块过大会影响DNA Locker渗透入组织内部的效率,组织块过大也会造成DNA Locker无法完全覆盖组织,而未被DNA Locker覆盖的组织部位极易被核酸酶降解;

b. 不允许寄送用裂解液保存的组织样本,因为实验中发现用Trizol保存的组织样本,无论是研磨好的粉末还是切割好的组织块,所抽提的DNA质量普遍很差;

c. 动物及临床组织不要使用锡箔纸包裹,锡箔纸容易与动物及临床组织粘一起,DNA抽提的过程锡箔纸容易带入,引起污染。

2 细胞样品的采集

贴壁细胞的处理

从培养箱取出贴壁生长细胞(3~5×106个细胞),显微镜下观察细胞确定生长状态良好。弃培养液;

加入无酶水配制的1×PBS后,平放轻轻摇动1 min洗涤细胞,然后弃去PBS,洗2次以洗去培养液;

将培养皿置于冰上。向培养皿内加入4 ℃预冷的PBS。用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快),冰上斜置培养皿,使得缓冲液流向一侧。移液管吸取至预冷的离心管内。200-1000g离心5 min-10 min去上清;

转移至耐-192 ℃低温的螺纹口冻存管,液氮速冻1 h后,转移至-80 ℃冰箱长期保存或通过干冰运输寄出。如只做DNA实验,没有条件的情况下可以不做液氮速冻,直接-80冻存。

悬浮细胞的处理

选取生长状态良好的细胞悬液(3~5×106个细胞);

② 200-1000 g离心5-10 min,得到细胞沉淀弃培养基;

加入3 mL Nuclease-Free水配制的1×PBS后,悬起细胞沉淀,然后用200 g离心5 min,弃PBS,洗2次;

转移至耐-192 ℃低温的螺纹口冻存管,液氮速冻1 h后,-80 ℃长期保存或通过干冰运输寄出;如只做DNA实验,没有条件的情况下可以不做液氮速冻,直接-80 ℃冻存。

3 植物组织组织采集

选取新鲜、幼嫩、生长旺盛的组织部位(200~300 mg),植物组织越幼嫩越新鲜所含的次生代谢产物越少,随着植物的逐渐成熟,所含的次生代谢产物产量越来越多,而次生代谢产物会影响DNA的抽提;

(部分植物样本可选做)迅速用预冷的Nuclease-Free水配制的1×PBS或生理盐水清洗组织表面的污渍,吸干表面的液体。用剪刀剪切成合适的大小(若非特殊情况,长度最好不要超过10 cm);

处理好的组织迅速放入预冷好的已写好编号的Nuclease-Free的耐-192 ℃低温的螺纹冻存管中,或用标记好名称的锡箔纸包裹好,液氮速冻>1 h,转移到-80 ℃长期保存,在DNA提取前避免反复冻融,干冰寄送样本。如只做DNA实验,没有条件的情况下可以不做液氮速冻,直接-80 ℃冻存。

4 全血/外周血样本搜集

 

紫色EDTA采血管

 

紫色EDTA采血管采集方式:

样本采集前,先用75%的酒精棉由内向四周对采血部位进行消毒;

采血2~5 mL至特定的采血管中,数量达到负压允许的最大值;

样本采集完成后,立即轻柔颠倒混匀10次。动作尽可能平缓;

混匀完毕后,转入耐-192 ℃低温的螺纹口冻存管,液氮速冻1 h后,转入-80 ℃冰箱保存,干冰运输。如只做DNA实验,没有条件的情况下可以不做液氮速冻,直接-80 ℃冻存。

5 石蜡组织

手术/活检组织石蜡块

 

从医院病理科切取手术组织总量≥25 mg(绿豆大小),活检组织长度>1 cm,需2-3条,蜡块完整,无磕碰损伤的石蜡包埋组织。将蜡块放入蜡块托中,写好样本编码。然后将该样本提交单装入自封袋,与样本一起常温运输。

手术/活检组织石蜡卷片

从医院病理科切取组织厚度≥8~10 μm的石蜡卷片,手术组织5-10张(组织>1×1 cm2),或10-20张(组织<1×1 cm2),穿刺组织20-25张。将切好的卷片放置于1.5 mL无菌离心管中,每管最多放置5张,用封口膜将管盖封好,并在管壁上写好样本编码。然后将该样本的提交单装入自封袋,与样

手术/活检组织石蜡切片

从医院病理科切取组织厚度≥8~10 μm的石蜡卷片,手术组织5-10张(组织>1×1 cm2),或10-20张(组织<1×1 cm2),穿刺组织20-25张。将切片平整放置在经过防脱处理的粘附载玻片中心位置,以样本区域无褶皱、气泡或明显刀痕为准。将贴片放置于专用的病理切片盒中,在贴片盒盖与盒身各写上样本编码。然后将该样本提交单,装入自封袋,与样本一起常温运输。

注意事项

a. 送样优先顺序:石蜡块石蜡卷石蜡切片

b. 所有石蜡组织样本需尽量送检一年以内的样本,不得超过18个月,建议提供一张免疫组化或组化染色切片

c. 新制切片常温放置应在1周以内,2-8 ℃放置应在1个月以内,-20 ℃贮存应在6个月以内

 

d. 强烈建议每个贴片盒中只存放一个患者的样本;若需与其他患者样本放在一起,必须做间隔区分,防止样本接触造成污染

 

e. 强烈不建议使用添加瓦楞纸或自折Z形纸摆放石蜡切片,因运输过程中的碰撞会导致石蜡切片挤到一起,造成切片破损或样本污染。

石蜡组织容器

 

 

 

粘附载

块托

 

石蜡切片示例

 

 

样本量手术

样本量穿刺组织

 

 

正常量术组织

正常量穿刺组织

 

6 DNA样本

DNA总量≥1 μg,不降解或轻微降解,浓度≥30 ng/μL,体积>20 μL,OD260/280=1.7~2.2,一般要求主条带清晰,无降解,如果发生部分降解,降解片段应在1500 bp以上。在管壁上写明样本编号,然后将该样本的提交单装入密封袋,与样本一起冰袋运输。-80 ℃保存。