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10x Genomics认证单细胞测序联合实验室
产品介绍
10x Genomics Single Cell Gene Expression FLEX 单细胞转录组测序技术（简称10x Flex），采用4%的多聚甲醛（PFA）对细胞进行固定，一步锁定 RNA 表达状态，解决了样本储存、多样本批次处理、多时间点多组样本的混样等问题，同时解锁FFPE样本的单细胞转录组测序。建库时将样本与探针进行杂交，捕获基因用于制备单细胞测序文库并开展测序。后续，将样本与探针组进行杂交。在GEM 生成过程中，探针组被连接并延伸，以掺入独特的条形码。然后制备测序文库，开展测序，并利用10x Genomics的CellRanger和Loupe Browser软件工具进行分析。
技术优势
1. 打破样本类型限制：除了新鲜组织和细胞，还适用于固定的细胞/细胞核、固定的组织，解锁样本库样本；
2. 高灵敏度基因检测：特异性探针设计，低丰度基因检测灵敏度更高，且关键有效数据量、基因表达量、分群结果与常规单细胞表现一致；
3. 锁定瞬时表达：Flex经过PFA及时固定，已经锁定了样本瞬时的表达状态。非常适合濒死样本、多阶段变化样本、脆弱样本、需先进行病理分型的样本等；
4. 减少样本采集运输难度：采集方面，样本的及时固定，可使取样更灵活，扩散到多个采集点的同时减少取样时间限制。运输方面，长距离运输的压力变小，也适合多中心合作的应用场景。
技术路线
2.探针杂交：使用设计好的探针对目标RNA分子进行杂交，这些探针上具有条形码，能区分样本；
3.单细胞核捕获： 使用GEM-X系统将单个细胞核包裹在油滴中，每个油滴内含单个细胞核和带有Barcode的凝胶珠（Gel Bead），实现单细胞水平的探针捕获；
4. 连接延伸与文库构建：在油滴内完成探针连接，随后进行延伸，再通过片段纯化等步骤构建成相应的测序文库；
5.上机测序与数据分析：文库构建完成后进行测序后续进行生信分析。
分析内容
样本要求
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样本类型 |
样本量及保存条件 |
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石蜡块 |
蜡块组织面积≥1cm*1cm，厚度≥150μm（支持最低可切片量）； 蜡块组织面积＜1cm*1cm，厚度≥200μm（支持最低可切片量） |
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石蜡卷片 |
人：组织面积≥1cm*1cm，厚度≥25μm/片，3片；组织面积＜1cm*1cm，厚度≥25μm/片，4-6片。 鼠：组织面积≥1cm*1cm，厚度≥50μm/片，3片；组织面积＜1cm*1cm，厚度≥50μm/片，4-6片。 |
应用方向
1.肿瘤学（肿瘤微环境；肿瘤异质性；肿瘤浸润）
2.免疫学（免疫细胞浸润；免疫扩散）
3.生长发育（细胞类型的空间分布）
4.神经系统发育
代表性文章
Xu Z, et al. High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq. Nat Commun. 2023 May 12;14(1):2734. doi: 10.1038/s41467-023-38409-5. PMID: 37173341; PMCID: PMC10182092.