简介
RIP-seq全称RNA Immunoprecipitation Sequencing（RNA免疫共沉淀测序）是研究蛋白质与RNA相互作用的技术，能够高效检测RNA-蛋白质复合物中的RNA结合位点或区域。RIP-seq中，RNA-蛋白质复合物与靶向感兴趣蛋白质的抗体进行免疫共沉淀；然后对富集得到的RNA进行建库和高通量测序；最后将测序数据比对到基因组上，并通过peak分析锁定蛋白结合目标RNA区域。
联川优势
多篇用户文章登顶TOP期刊
采用顶级期刊高频分析流程，可提供几十套标准及个性化分析服务
几十款抗体测试数据，为后续高质量数据呈现保驾护航
丰富的售后和审稿意见处理经验
项目流程图
联川生物RIP-seq测序可以为研究人员提供从样本准备、免疫共沉淀（IP）、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程，提供高质量的数据结果，并为后续研究提供强有力的参考依据。
样本起始量与送样建议
样本类型
起始量
原代细胞/细胞系
>1×105个
细胞活率>80%（90%以上更佳），有核率>70%，无明显杂质
动物及临床脏器组织/脑组织等
>100mg
植物根/茎/叶等
>1g
注意事项：
① ATAC-seq/CUT&Tag 等涉及 Tn5 酶的项目被支原体污染后对数据结果影响极大，因此在收集细胞时须进行支原体检测，保障样品无支原体污染。
② 更加详细的样本准备指南，请发送邮件至 market@lc-bio.com 索要或联系驻地销售。
生物信息学分析流程与分析内容
分析大类
分析内容
数据预处理
原始测序数据去接头、去低质量reads
测序数据质量指标统计
参考序列比对
测序序列与参考基因组序列比对
比对信息统计
测序片段长度分布
转录起始位点信号强度
文库复杂度检测
样本间相关性检测
Peak分析
Peak calling
Peak数目和长度分布统计
Peak注释
Peak在基因功能元件上的分布
Reads在Peak关联基因功能元件上的分布
差异peak分析
组间差异peak鉴定
差异peak注释
差异peak关联基因GO分析
差异peak关联基因KEGG分析
Motif分析
Motif富集分析
Motif对应基因查找
转录因子足迹分析
转录因子足迹鉴定
组间差异TF分析
其他分析
核小体占位分析
生物信息学分析流程与分析内容
具体生信分析内容
分析大类
具体分析内容
比对统计
核糖体序列比对
参考基因组比对
测序饱和度分析
Reads染色体分布图
Peak分析
Peak整体统计
Peak富集倍数分布
Peak注释
Peak相关基因分析
Peak在基因功能元件上的分布
Peak相关基因GO富集分析
Peak相关基因KEGG富集分析
Peak及周边基因结构可视化分析
Motif分析
差异Peak及特定基因Motif分析
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