产品简介
10x Visium HD3'是10x Genomics在Visium HD基础上推出的新一代空间转录组技术，延续单细胞级别高分辨率与组织无间隙捕获优势，依托3' poly(A)捕获机制实现突破，拓展空间转录组研究边界，为多物种、多场景精细化空间解析提供灵活方案。与上一代Visium HD相比，HD3'以更广泛的物种适配性、更丰富的转录本解析能力，助力科研人员探索各个物种的复杂组织微环境与分子机制。
10x Visium HD3'延续了自动化探针转移技术，将标准载玻片上FFPE、冰冻包埋等多类组织切片的转录组信息精准捕获至Visium捕获玻片，支持先染色选优质切片再分析，全流程自动化集成使结果稳定可靠，大幅拓展了空间转录组研究的样本范围与应用场景。
斑马鱼头部的10x Visium HD3’的检测结果
技术原理
10x Visium HD3’芯片采用无间隙连续点阵式阵列【组织样本的全覆盖检测】设计，由均匀排布的方形捕获单元构成，单个单元为边长2μm的正方形【分辨率：2μm】，相邻单元之间无间距。
10x Visium HD3’芯片设计图
6.5mm×6.5mm捕获区内集成约1120万个捕获单元；每个捕获单元搭载含空间条形码、UMI及Poly(dT)序列的寡核苷酸探针库，通过探针对通过识别mRNA3’端的PolyA序列实现转录本的捕获，实现单细胞尺度的、【全物种覆盖】【全转录组覆盖】的高清空间转录组。
左图：10x Visium HD检测原理；右图：10x Visium HD3’检测原理
检测流程
样本经OCT包埋后，切10μm切片置于Visium玻片，H&E染色获取形态图；透化释放mRNA，与探针结合并原位反转录生成带空间条形码和UMI的cDNA；洗脱cDNA构建测序文库；测序分析后将表达数据映射到组织图像，得到空间转录组图谱。
10x Visium HD3’的检测前提是mRNA3’端PolyA结构的完整，因此仅能够进行新鲜冰冻的OCT包埋样本的检测【FF样本】。
10x Visium HD3’实验全流程
联川生物10x Visium HD3’技术优势和特点
1.物种的全覆盖
10x Visium HD3’依托3' poly(A)特异性捕获机制，无需针对特定物种设计靶向探针，实现了物种的全面覆盖。其不仅适配人、小鼠、大鼠等常规模式生物，更可支持恒河猴、猪、斑马鱼等多种模式生物及稀有物种研究，完美解决跨物种比较、稀有物种分子机制研究等科研痛点，为多物种精细化空间解析提供稳定、高效的技术支撑，助力科研人员突破物种限制，探索更广泛的生命科学研究方向。
2.全组织覆盖检测
10x Visium HD3’和10x Visium HD相同，都采用无间隙、高密度捕获阵列设计，以2μm×2μm的条形码捕获单元紧密排布，实现对组织切片的连续全覆盖，彻底消除传统空间转录组的捕获间隙与检测盲区。无论组织形态复杂与否，都能完整保留全部区域的转录本信息，精准捕捉微小结构、细胞边界与局部微环境的表达差异，为精细解剖组织分区、识别稀有细胞类群、解析细胞空间排布提供无遗漏的数据基础，真正做到组织空间信息“零丢失”。
3.全转录本覆盖检测
10x Visium HD3’的全转录组捕获策略是通过特异性捕获mRNA的3’端的PolyA序列实现的，可对组织切片内全部mRNA进行高效捕获，并且没有物种上的限制。同时，此检测原理要求样本mRNA3’端结构的相对完整，仅支持新鲜冰冻样本的检测。基因检出率高、数据稳定性强，能完整还原组织内基因表达全貌，为疾病机制、发育调控、肿瘤异质性等研究提供全面的转录本信息，满足深度挖掘与从头发现的需求。
4.高清分辨率的高通量空间转录组技术
10x Visium HD3’和10x Visium HD相同，都是高清分辨率的高通量空间转录组技术，将捕获分辨率提升至单细胞级别，能够在保持高通量、全转录组检测的基础上，实现对组织内精细空间结构的精准解析。它既保留了大规模、全基因组水平的转录本检测能力，又通过高密度条形码阵列大幅提升空间定位精度，可清晰揭示细胞边界、亚区域微环境、细胞邻近关系等细微表达特征，真正实现“高通量检测”与“高清空间分辨率”的兼顾，为肿瘤异质性、免疫微环境等高精度空间研究提供强有力的技术支撑。
5.合理、准确的细胞分割策略
10x Visium HD3’和10x Visium HD相同，都以2×2μm无间隙方形捕获单元为基础，支持8μm标准化归bin（每10个spot组成的小正方形区域作为一个细胞）及自定义尺寸调整，平衡高分辨率与分析效率；也可以通过细胞分割可通过Space Ranger内置StarDist算法或Bin2Cell软件（基于H&E图像自动化精准分割单个细胞）等第三方工具实现，首先通过同片的HE染色结果去识别每个细胞的细胞核，然后以细胞核位置为锚点，结合转录本在空间上的密度分布与形态学轮廓信息，对细胞边界进行精准分割与归属判定。
6.更优秀的转录本弥散控制
空间转录组数据分析长期存在一种转录本的弥散现象：mRNA会向周围发生细微的扩展现象。10x Visium HD3’和10x Visium HD相同，都通过优化组织透化条件、调整反应时间并强化捕获效率，从实验层面显著降低了mRNA的扩散偏移，让转录本更精准地停留在其原始细胞所在的空间位置。结合高精度的空间坐标与优化的细胞分割算法，可有效过滤弥散造成的背景信号干扰，避免相邻细胞间的表达信号互相混淆，大幅提升基因定位的准确性。
7.多样化、个性化的分析流程
联川生物提供定制化空间转录组分析流程，从基础质控、表达定量、空间聚类，到细胞类型反卷积、差异基因挖掘、空间共表达网络分析，均可按研究方向灵活调整。支持组织形态与表达数据联合可视化、肿瘤微环境等个性化分析模块，结合【联川生物星云云平台（可点击）】实现交互式图表与在线可视化，快速产出符合高分期刊标准的分析结果，适配基础科研、临床转化、药物研发等不同场景。
