产品介绍
BGI Stereo-seq FFPE是华大时空在原创的空间转录组学技术Stereo-seq基础上，针对临床最常用的【福尔马林固定石蜡包埋样本】专门打造的高性能空间转录组解决方案，延续纳米级超高分辨率的核心优势，采用适配FFPE样本的特异性捕获探针与高效建库流程，可精准还原珍贵临床样本的基因表达空间图谱。依托全国产化平台与成熟的空间条形码（CID）定位技术，实现FFPE组织从切片、染色、捕获到数据分析的全流程一体化，兼顾临床样本兼容性、检测灵敏度与数据稳定性，完美支撑肿瘤病理分型、疾病分子空间特征、临床大样本队列等转化医学研究，进一步拓宽Stereo-seq在精准医疗与临床空间组学研究中的应用边界。
细胞的空间位置就如同宇宙中行星的运行轨迹，对细胞、组织功能具有无可比拟的作用，同时基因表达的位置信息对于理解组织功能和病理变化具有重要的意义。Stereo-seq技术突破了传统技术的限制，能够在亚细胞分辨率下显示细胞空间表达模式，真正实现细胞时空表达全景展现，将生命科学研究带入到时空时代，并可应用于肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、脑神经学、病理研究等方面。
大鼠胚胎的BGI Stereo-seq FFPE的检测结果
技术原理
BGI Stereo-seq FFPE芯片以DNA纳米球（DNB）为核心设计基础，芯片表面规则排布数十亿个DNB构成的捕获点，每个捕获点直径约220nm、中心点间距500nm【分辨率500nm】，可实现纳米级分辨率。每DNB携带独一无二的空间条形码（CID），并链接分子编码（MID）与捕获探针。
BGI Stereo-seq FFPE通过固定探针+随机探针的组合策略，实现了对编码RNA、非编码RNA和微生物RNA的检测，将空间转录组的研究内容从mRNA拓展到非编码RNA和微生物RNA，填补了传统空间转录组技术的研究空白。
BGI Stereo-seq FFPE芯片设计图
检测流程
FFPE样本切后贴在Stereo-seq FFPE测序芯片上，ssDNA染色获后，透化释放mRNA，与探针结合并原位反转录生成带空间条形码CID和MID的cDNA；洗脱cDNA构建测序文库；经华大测序仪测序后将表达数据映射到组织图像，得到空间转录组图谱。
BGI Stereo-seq FFPE实验全流程
联川生物BGI Stereo-seq FFPE技术优势和特点
1.不限物种的转录本捕获
依托随机探针原位捕获Total RNA技术，不依赖poly A结构、不设物种偏好，可无差别覆盖人、小鼠、模式生物与非模式生物，同时兼容临床FFPE样本，为跨物种比较、演化发育、罕见病与大样本临床队列研究提供统一、稳定的空间转录组解决方案。
2.支持微生物mRNA的检测
可同步捕获宿主转录本与细菌、真菌等微生物mRNA，精准定位菌体空间分布，原位解析宿主–微生物互作与感染微环境动态，为感染性疾病机制、肿瘤微生物组、慢性炎症等研究提供无偏、全景式空间共检测能力。
3.支持非编码RNA的检测
捕获lncRNA等各类非编码RNA，突破传统技术仅聚焦mRNA的局限，补充空间层面非编码RNA的表达与分布特征，为转录调控、肿瘤微环境、疾病标志物等深度研究提供更全面的分子信息支撑
4.超高清分辨率的高通量空间转录组技术
BGI Stereo-seq FFPE是超高清分辨率的高通量空间转录组技术，分辨率达到纳米水平【500nm】。在保持高通量、全转录组检测的基础上，实现对组织内精细空间结构的精准解析。它既保留了大规模、全基因组水平的转录本检测能力，又通过高密度阵列大幅提升空间定位精度，可清晰揭示细胞边界、亚区域微环境、细胞邻近关系等细微表达特征，真正实现“高通量检测”与“超高清空间分辨率”的兼顾，为肿瘤异质性、免疫微环境等高精度空间研究提供强有力的技术支撑。
5.灵活、多样、准确的细胞分割策略
BGI Stereo‑seq提供从固定网格聚合到精准单细胞分割的多级、可自由切换的细胞分割方案，可根据研究目标与样本类型灵活选择。既支持Bin20等网格式分箱，快速获得稳定可靠的细胞级表达信息，也可通过Cellbin智能细胞分割算法，基于组织成像信息还原每个细胞的空间位置、形态与转录组特征。针对不同类型的组织样本与科研需求，可自由切换分箱尺度与分割策略，在保证高准确性的同时，兼顾分析效率与生物学真实性。
大鼠胚胎样本【左侧：基于Bin20的细胞分割；右侧：基于Cellbin的细胞分割】
5.国产化平台的成本优势
BGI Stereo-seq是国产的空间转录组测序平台，试剂和测序平台无需依赖国外进口，全链条国产化从源头大幅降低实验成本。依托华大智造DNBSEQ测序平台与自研捕获芯片、建库试剂形成闭环配套，省去进口耗材关税、物流与授权溢价，单样本综合成本显著低于进口平台。